Forum Ma’ahid Qur’an Indonesia (Formaqin) berdiri di PPTQ Ibnu Abbas Klaten, pada tanggal 28 Desember 2014/6 Rabiul Awal 1436 dengan nama Rabithah Ma’aahid Qur’aniyah Jawa Tengah, Jawa Timur, Yogyakarta. Organisasi ini menginduk kepada Rabithah Ma’ahid Qur’an di Jakarta yang berada di bawah Hai’ah ‘Alamiyyah li Tahfizh Al Qur’an (Organisasi Internasional Tahfizh Al Quran) yang berpusat di Mekah.
Organisasi ini berdiri dengan tujuan untuk menjadi wadah komunikasi, koordinasi dan sinergi pondok-pondok Tahfiz Al Qu’ran yang tergabung menjadi anggota. Hadirnya organisasi ini diharapkan menjadi wadah silaturrohim untuk saling berbagi pengalaman antar Lembaga Pendidikan Al Qur’an, Membina serta membimbing Lembaga Pendidikan Al Qur’an Muda sehingga terbentuk sinergi kuat antar Lembaga Pendidikan Al Qur’an.
Deklarasi Rabithah Ma’ahid Qur’an dihadiri oleh pondok pesantren dan lembaga tahfizh di Jawa Tengah, Jawa Timur, dan Yogyakarta, dengan inisiator utama Ust. Dr. Muhammad Muinudinillah (almarhum), Direktur PPTQ Ibnu Abbas Klaten, dan Ust. Syihabuddin Abdul Mu’iz Al Hafiz, Direktur Ma’had Isy Karima, Karanganyar.
Sejak awal berdiri, organisasi ini telah aktif melaksanakan Multaqo Ma’ahid Qu’raniyah hampir setiap tahun, dalam rangka membahas ide-ide pengembangan kualitas dan sinergi Pondok Pesantren Tahfiz dan isu-isu dinamika pendidikan nasional dan perkembangannya. Kepengurusan Rabithah Ma’ahid Qur’an baru terbentuk pada tahun 2020, pada Multaqo Rabithah Ma’ahid Qur’aniyyah ke 7 di PPTQ Ibnu Abbas Klaten.
.
Melihat besarnya minat, apresiasi, dan permintaan untuk mewadahi aspirasi dan permintaan dari pondok-pondok tahfizh Al Qu’ran dari berbagai provinsi di Indonesia yang ingin bergabung ke dalam organisasi ini, maka pada tanggal 25 Februari 2020 di Pondok Pesantren Isy Karima, atas arahan Dewan Pembina, Rabithah Ma’ahid Qur’an Jawa Tengah, Jawa Timur, dan Yogyakarta berganti nama menjadi Forum Ma’ahid Qur’an Indonesia. Tujuan perubahan nama ini adalah untuk mewadahi pondok-pondok tahfiz yang ingin bergabung dari seluruh Indonesia.